传染病防控的决策支持系统的子系统分别服务于防控的不同阶段，比如在本地预警尚未爆发时的传染病早期预警系统，现在北京出现了小范围的聚集，但还不算爆发，并不能改变对疫情的研判，即中国应该不会再出现特别大规模的爆发。在未来疫情进入常态化防控时期，主要监控的还是国际上的热点地区，需要对这些地区进行风险评估，即首先对风险进行评级或者是计算风险指数，然后对每个国家建立疫情预测模型，对这些国家之间的传播以及到中国的传播进行预测。

 

重大公共卫生事件决策支持系统包括4个模型，第一个模型是非医学干预（NPI）政策备选库，包括各种社会政策如封城、降低经济活跃度等，民众政策如保持社交距离和居家令，也有针对企业的包括停业或是关键部门人员到岗的政策，还有交通政策包括停飞或停火车班次、减少航班或地面交通等。第二个模型是NPI有效性模型，它是根据不同的政策以及不同的社会习惯，对不同的国家收集国内和国际的经验数据来估计模型参数。第三个模型是NPI成本的测算，包括病毒导致的生命及健康成本，但更多的成本其实是Shutdown policy带来的直接短期经济损失。第四个模型是在约束条件下的动态系统最优化决策模型。